Για την ίδια την πόλη της Αμαθούντας δεν γνωρίζουμε πότε ακριβώς ιδρύθηκε.

Οι πρώτες ανακαλύψεις στην Αμαθούντα έγιναν ήδη από την εποχή της Φραγκοκρατίας και αφορούν τα μεγάλα λίθινα αγγεία που βρίσκονταν στην ακρόπολη. Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν κατά το 1893-1894 υπό τη διεύθυνση βρετανών αρχαιολόγων, ενώ στα 1930 η Σουηδική Αποστολή ανέσκαψε με τη σειρά της αρκετούς αρχαίους τάφους. Μετά το 1960 και την ανεξαρτησία της Κύπρου, έγιναν αρκετές σωστικές και συστηματικές ανασκαφές από το Τμήμα Αρχαιοτήτων, ενώ από το 1975 η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών ανέλαβε συστηματικές ανασκαφές στην ακρόπολη και σε άλλα σημεία της Αμαθούντας.